药品质量安全、药品配送安全、用药安全是目前网络药店存在的三大主要问题，它们成为网络药店发展的最大挑战。

　　目前，“黑店”成为医药电子商务发展滞后的很大障碍。据悉，目前网络上有近万家黑药店，以及淘宝、拍拍上难以计数的非法售药网店。黑药店的蓬勃发展，首先源于行业暴利，但更深层原因则是监管乏力。

　　由于国家职能机构分权问题，难以统筹调配解决网络非法售药问题。在对网络售药行业的管理上，药监局对药品交易的主体、商品以及流程进行监管；工商局在接到消费者投诉时会进行相应的执法；工信部主要是对举报非法信息的处理。

　　“药品属于特殊商品，对生产、流通、储存等多个环节有特殊的要求；另外还涉及到质量、价格、配送等一系列具体问题。根据我国各部门职能分工，药监部门的主要职责是对药品安全进行监管，药品价格由价格管理部门进行核定。”在北京市药品监督管理局给记者的回信中，也体现了国家相关管理部门之间的沟通障碍。

　　同时，药厂是否让利也成问题。药厂为了保护自身利益，维持其产品和生意持续发展，就需要对价格进行维护。当下，网络售药的份额和销量都非常小，因此不可能在厂家这里拿到很实惠的价格，传统市场依旧是药厂的主要阵地。药厂不可能因为网络售药区区百万的小盘子，去扰乱其亿级的市场。

　　金象网总经理牛征也曾表示，现在网络售药最缺的就是一个字：“量”。只有规模化，才能实现网络药店的质变。谈及多大才算得上够量，牛征说，一家网站年营业额过1亿元，相当于目前营业额的10倍。不过他也表示，这一量级短时间内还很难实现。因此，我们或许只能期待，当医药电子商务公司在市场上成长到如携程网一样的巨无霸时，网络售药才会受到药厂等各方力量的重视。